Сюжет игры повествует о том, что произошло через какое-то время спустя после проигрыша Аштара. Теперь Ирене Лью должна выполнить задание, которое очень важное. Задание такое - исследование странной фабрики, построенной не так давно. Потом Ирене идет на разведку, там ее ловит и убивает старый ее друг Рью Хаябуса. Но он казался только таковым, это не он. Настоящего Рью подставили, и он переживает из-за смерти девушки. Обозленный он собирается на фабрику, чтобы отомстить убийце.

Во всех аспектах игры чувствуется профессионализм разработчиков. Вид главного героя стал убедительнее, живее, появилась неплохая анимация и озвучка. Сама игра стала намного разнообразней. Из красок больше используются темные тона, что существенно усиливает эффект от игры, которая держит игрока в напряжении на протяжении всего процесса. Каждая стадия игры дополнена динамическими эффектами, которые стали серьезными украшениями игрового процесса. Есть и несколько ландшафтных особенностей, которые будут опасны. К таким можно отнести страшные зыбучие пески, в которых ненароком можно просто утонуть. От уровня к уровню вид игры становится более мрачным, темным, враги более агрессивными и коварными, а сложность при этом увеличивается. Музыка отлично вливается в процесс самой игры, что усиливает эффекты от прохождения.

Интересная сюжетная линия, новые разработки, улучшенное качество звука и графики, новый дизайн - все это третья новая версия Ninja Gaiden.