Марио атакует своих врагов прыгая на них сверху (при использовании такого способа можно полностью убить грибы и напугать черепа Купа, которые прячутся в свои панцири, что в последствие так же можно использовать, как оружие). На некоторых противников, например, таких как дикобразы нельзя запрыгивать, потому, что это либо ранит, либо убивает Марио. Так же в игре, как и в остальных сериях можно стрелять огненными шарами, но сделать это удастся только проапгрейдив персонажа посредствам съедания грибков и листиков. В игре, так же как и в остальных ее частях имеются трубы, некоторые из которых являются бонусными, где можно найти большое количество монет, а так же несколько сократить путь. Помимо них, на дополнительные, бонусные уровни ведут и ростки, которые поднимают Марио на облака, где находится еще большее количество бонусов.

При наборе ста монет, персонаж получает дополнительную жизнь. За всех поверженных врагов, Марио так же начисляют очки, которые, по сути, не приносят никакой пользы, а лишь отображают мастерство игрока. По накоплению одного миллиона очков, табло с пойнтами увеличится с шестизначного до семизначного числа. Стоит так же знать, что при каждом последующем поражении врага черепашьим панцирем, очки начисляются по градации 500, 800, 1 тысяча, 2 тысячи, 4 тысячи, 8 тысяч, а после убийства таким способом восьми противников начисляется дополнительная жизнь.

Когда Марио съедает гриб и/или листок, то при столкновении с неприятелем персонаж не умирает, а лишь возвращается в первостепенное состояние и больше не способен стрелять шарами и разбивать кирпичи до того момента, как он опять не соберет необходимые бонусы.

Помимо этого в игре существует еще два бонуса, первый - звезда. Она не «вырастает» из облака как гриб и не падает, как листок, а перемещается по синусоиде вперед. Заполучив такую вещь, персонаж на некоторое время становится неуязвим для противников и способен убивать их лишь своим прикосновением. На некоторых из уровней можно встретить еще один приятный бонус - зеленый гриб, который добавляет Марио одну дополнительную жизнь, но чтобы поймать его, нужно проявить хорошую ловкость и сноровку.