Вторая версия игры намного интересней и увлекательней в сравнении с первой. В этой части камера перемещается даже назад, при этом враги, которые были уничтожены ранее, часто снова оживают. В начале игры предстоит выбор из трех персонажей. Играть теперь можно даже за принцессу, которую спасали в первой части.

Каждый из персонажей наделен определенными характеристиками. Марио может передвигаться намного быстрее, чем раньше. Луиджи прыгает выше всем, а Жаба способна парить в небе некоторое время. При первом запуске при прыжке на врага он не умирает. Это удивительно, но в Супер Марио 2 нет врагов, которых можно уничтожить прыжком на голову. Чтобы убить противника придется выдергивать кустики и кидать их в недоброжелателей. Так же стоит отметить, что в некоторых кустах находятся бонусы. Что касается самого персонажа, то он тоже не умирает при первом столкновении с врагами. В этой версии увеличилось количество врагов, стало больше уровней.

На самом деле изначально игра не была продолжением игр серии про Марио, это был эксклюзивный выпуск для Famicom Disk System и назывался он Yume Koujou Doki Doki Panic. Обратите внимание, что в этой версии изменен уровень жизней. Теперь он измеряется с помощью красных шестиугольников, которые расположены в левом верхнем углу монитора. В предыдущих сериях не было величины здоровья, при столкновении с противников Марио практически сразу терял жизнь. Основная задача Марио в этой части спасти Землю от нашествия бородавочников. Теперь играть стало намного проще, достаточно открыть окно браузера и перейти по ссылке. Игра представлена в он-лайн режиме.